La cour des comptes s’est intéressée à la gestion des fonds covid-19 piloté par le gouvernement. Dans un rapport d’avril 2022 rendu public par le ministère de l’Economie et des Finances, l’institution a révélé des irrégularités dans la gestion du fonds mobilisé.

Le rapport de 97 pages produit par la cour des comptes signale plusieurs irrégularités dans la gestion des fonds covid-19. On note dans le rapport des « décaissements de fonds non justifiés », « des cas de contestation par des présumés bénéficiaires des appuis relatifs aux différentes opérations de prise en charge au titre des mesures sociales et de soutien au secteur productif », « non clarification de la mise en œuvre des premières mesures à incidence financière prises en conseil des ministres au début de la crise dans les documents de reddition de compte ».

« Le recoupement entre les informations issues du document intitulé "Point de mise en œuvre des mesures de riposte sanitaire et socioéconomiques", de la situation sur chiffre des OP Trésor payés par la DGTCP et des pièces justificatives produites à la Cour des comptes par le Ministère de la Santé révèle qu'un montant total de Trois cent quatre-vingt-cinq milliards six cent quatre-vingt-quatre millions cent cinquante-six mille quatre cent cinquante-quatre francs (385.684.156.454) de dépense n'ont pas été justifiées à la Cour des comptes. », révèle le rapport. Pour la cour les éléments d’explications apportés par le ministre des finances pour justifier les manquements ne sont pas de nature satisfaisante.