Des incidents ont été enregistrés à la compagnie aérienne. Lors de ces incidents, les règles de sécurité ont été en partie ignorées par les équipages. Cependant, le Bureau d'enquête et d'analyse et Air France assure avoir pris en compte toutes ses recommandations prochainement.

Le rapport du Bureau d'enquête et d'analyse publié le mardi 23 août est basé sur des exemples. Ainsi, lors de la fuite de carburant détectée en altitude de croisière sur un vol entre Brazzaville (Congo) et Paris, l'équipage aurait dérouté l'avion vers l'aéroport de N'Djamena (Tchad) mais sans couper le moteur du côté de la fuite comme le prévoit la procédure de sécurité. Le BEA souligne donc  une « Diminution de la marge de sécurité du vol » qui a « créé un risque important d'incendie et entraîné une diminution importante de la marge de sécurité du vol, l'incendie ayant été évité par chance » à l’en croire.

Aussi, il a été enregistré selon le rapport le 12 septembre 2020 un Airbus A318 qui « s'est affranchi des procédures opérationnelles afin de réaliser une arrivée rapide en piste à Paris-Orly » au risque de ne pas avoir le temps de réagir en cas d'imprévu.