Le programme des villes africaines est l’un des piliers de l’action du Fonds qui consiste à accompagner des villes africaines dans l’élaboration de plans d'investissement structurants à court, moyen et long terme. Il concerne désormais les villes telles que « Kolwezi » qui est ville minière du sud de la République démocratique du Congo, confrontée à une croissance urbaine rapide et à d’importants enjeux environnementaux ; « Grand Nokoué », un ensemble de villes de plus de deux millions d’habitants et poumon économique du Bénin ; « Buffalo City », cité côtière sud-africaine pour laquelle la résilience climatique est une priorité ; « Joal », une ville moyenne du Sénégal, qui cherche à davantage intégrer les enjeux environnementaux et sociaux dans son développement économique ; « Juba » , au Soudan du Sud, qui priorise la fourniture de services de base pour une population croissante et particulièrement vulnérable et ; « Nouakchott » , la capitale de la Mauritanie, qui envisage de combiner des projets sur la résilience climatique, la mobilité urbaine et l’énergie durable.

A en croire les municipalités, le Fonds de développement urbain et municipal financera un programme d'accompagnement de plusieurs mois, au cours duquel sera réalisé un diagnostic précis des points forts et des vulnérabilités de chacune de ces villes, notamment au regard des enjeux économiques, sociaux, climatiques et de genre. Il s'agira ensuite d'identifier des projets d'infrastructure transformateurs autour desquels fédérer les bailleurs de fonds publics et privés.